La zona que constituye actualmente el cantón Jipijapa estuvo poblada en la época prehispánica por parcialidades indígenas pertenecientes a la etnia Manteño-Huancavilca.
La actual ciudad de San Lorenzo de Jipijapa fue fundada al Norte de su ubicación actual, en el sitio Sancán, por el visitador Bernardo de Loayza. Fue trasladada posteriormente al sitio donde se encuentra por Juan de Hinojosa. Los territorios de Jipijapa pertenecieron a